Los pólipos pueden extirparse por completo con pinzas de biopsia electroquirúrgicas durante la colonoscopia. La escisión completa es particularmente importante para los adenomas grandes, que tienen la capacidad de convertirse en un cáncer. Si la extirpación endoscópica no puede realizarse correctamente, hay que llevar a cabo una laparotomía.

El tratamiento posterior depende de la histología del pólipo. Si el epitelio displásico no invade la capa muscular, la línea de la resección del pólipo se sitúa en la base, y si la lesión está bien diferenciada, la extirpación y el cierre endoscópicos deberían ser suficientes.

En los pacientes con invasión más profunda, o una lesión poco diferenciada, habría que llevar a cabo una resección segmentaria del colon, debido a que la invasión de la mucosa muscular proporciona acceso a los vasos linfáticos y aumenta la capacidad de metástasis en los ganglios linfáticos.

La mayoría de los autores recomiendan una colonoscopia total anual durante dos años, con la extirpación de las lesiones descubiertas. Si en dos exploraciones anuales no se detectan nuevas lesiones, se recomienda una colonoscopia cada dos a tres años.