El tratamiento va dirigido a la causa (p. ej., corticoesteroides para la hepatitis autoinmune, antivíricos para el VHB, interferones para el VHC). Los objetivos del tratamiento comprenden el manejo de las complicaciones (p. ej., ascitis, encefalopatía) y el tratamiento de la causa.

Hay que suspender los fármacos que provocan hepatitis. Hay que tratar los trastornos subyacentes, como la enfermedad de Wilson. En la hepatitis crónica por VHB, puede ser útil la profilaxis de los contactos de los pacientes.

Hay que evitar los corticoesteroides y los fármacos inmunosupresores, ya que refuerzan la replicación vírica. No existen medidas profilácticas, pero son necesarias para los contactos de los pacientes con infección por VHC.

Hepatitis autoinmunitaria: 
Los corticoesteroides, con o sin azatioprina, prolongan la supervivencia. Normalmente, el tratamiento con prednisona se inicia en una dosis de 30 mg a 40 mg por vía oral 1 vez al día, Después, se reduce a la dosis más baja que mantiene las aminotransferasas en concentraciones normales o casi normales. Algunos expertos administran azatioprina concomitante en una dosis de 1 mg a 1,5 mg/kg por vía oral 1 vez al día. La mayoría de los pacientes requieren tratamiento de mantenimiento a dosis bajas a largo plazo.

El trasplante de hígado puede ser necesario para la enfermedad terminal.

VHB: 
El tratamiento antivírico está indicado en pacientes con concentraciones elevadas de transaminasas, ante la evidencia clínica o una biopsia de la enfermedad progresiva, o ambas cosas. El objetivo es eliminar el ADN-VHB.

Puede que sea necesario mantener el tratamiento de manera indefinida, por lo que puede resultar muy costoso. Si se interrumpe el tratamiento antes de tiempo puede darse una recaída, que puede ser grave. Sin embargo, el tratamiento puede interrumpirse si se produce la seroconversión del HBeAg a anti-HBe o si las pruebas del HBsAg se vuelven negativas.