El tratamiento de la infección asintomática ha sido polémico, pero el reconocimiento del papel del H. pylori en el cáncer ha dado lugar a una recomendación de tratamiento. Se están desarrollando vacunas, tanto preventivas como terapéuticas (es decir, como complemento al tratamiento de individuos infectados).

La erradicación del H. pylori exige un tratamiento con múltiples fármacos, por lo general antibióticos y antiácidos. Los inhibidores de la bomba de protones suprimen el H. pylori, y el pH gástrico más alto, que acompaña a su uso, puede aumentar la concentración tisular y la eficacia de los antimicrobianos, lo que crea un entorno hostil para el H. pylori.

Es recomendable el tratamiento triple: omeprazol oral 20 mg o lansoprazol 30 mg, más claritromicina 500 mg 2 veces al día, más amoxicilina 1 g (para los pacientes alérgicos a la penicilina, metronidazol 500 mg) durante 14 días, cura la infección en más del 95% de los casos. Esta pauta tiene una excelente tolerabilidad. El inhibidor de la bomba de protones puede sustituirse por ranitidina citrato de bismuto 400 mg.

El tratamiento cuádruple con un inhibidor de la bomba de protones, tetraciclina 500 mg, salicilato o subcitrato de bismuto 525 mg 4 veces al día y metronidazol 500 mg 3 veces al día también es eficaz pero más complicado.

Los pacientes infectados con úlcera duodenal o gástrica exigen el mantenimiento de la inhibición de ácido por lo menos durante 4 semanas.

El tratamiento se repite si el H. pylori no se erradica. Si dos tandas no tienen éxito, algunos recomiendan endoscopia para obtener cultivos de las pruebas de sensibilidad.

En los pacientes con complicaciones (p. ej., gastritis, úlcera, cáncer) habría que erradicar el microrganismo.