El tratamiento va dirigido a la causa. Muchos médicos no tratan la disuria en la mujer sin los resultados de un análisis de orina. Si se administra tratamiento, es recomendable una pauta de tres días de trimetoprim-sulfametoxazol, trimetoprim solo o una fluoroquinolona.

Algunos médicos administran tratamiento para enfermedades de transmisión sexual en el varón antes de llegar a una conclusión; otros esperan los resultados de las pruebas, especialmente en pacientes fiables.

La disuria aguda con cistitis intolerable puede tratarse con fenazopiridina a las 24-48 horas. Con este fármaco la orina se vuelve de color rojo anaranjado; hay que advertir a los pacientes para que no lo confundan con una infección o con hematuria.

Las infecciones urinarias altas exigen un tratamiento de 10 a 14 días con antibióticos contra los microrganismos gramnegativos, sobre todo Escherichia coli.