El tratamiento es sintomático, aunque los parásitos y algunas infecciones bacterianas requieren tratamiento antimicrobiano específico.

• Rehidratación i.v. u oral. 

• Considerar antidiarreicos si no hay sospecha de infección.

• Antibióticos sólo en casos seleccionados

El reposo en cama y las soluciones electrolíticas (glucosa oral, caldo o consomé) pueden prevenir la deshidratación leve. Incluso con vómitos, el paciente debe tomar sorbos pequeños y frecuentes de estos líquidos, así el vómito puede disminuir con la reposición del volumen.

Los niños pueden deshidratarse más rápidamente y necesitan una solución de rehidratación apropiada. 

Las bebidas carbonatadas y deportivas no presentan una relación correcta de glucosa y sodio y, por lo tanto, no son apropiadas para los niños. Los antidiarreicos no deben administrarse a los pacientes con uso reciente de antibióticos o heces hemo-positivas, a la espera de un diagnóstico específico.

Los antidiarreicos eficaces comprenden la loperamida en tabletas o líquido.

Para los pacientes con infección por E. coli, la rehidratación con bebidas isotónicas y sueros intravenosos puede atenuar la gravedad de cualquier lesión renal o la aparición del síndrome urémico hemolítico.

Si el vómito es grave y se ha excluido la cirugía, puede ser beneficioso un antiemético. Los fármacos útiles en adultos comprenden la proclorperazina, pero este tipo de fármacos generalmente se evitan en el niño debido a la falta de eficacia demostrada y a la alta incidencia de reacciones distónicas.

No hay que administrar antibióticos hasta que se conozcan los resultados de las pruebas, especialmente en los niños, que tienen una mayor tasa de infección por E. coli.

En la gastroenteritis bacteriana demostrada, no siempre son necesarios antibióticos.  Las excepciones comprenden los recién nacidos y los pacientes con bacteriemia por salmonela.

Los antibióticos también son ineficaces contra la gastroenteritis tóxica (p. ej., S. aureus, B. cereus, C. perfringens). El uso indiscriminado de antibióticos fomenta la aparición de microrganismos farmacorresistentes. Sin embargo, ciertas infecciones requieren antibióticos.

Generalmente, el uso de probióticos, tales como el lactobacillus, es seguro y puede tener algún beneficio en el alivio de los síntomas. Pueden administrarse en forma de yogur con cultivos activos.

Existe una nueva vacuna oral pentavalente antirretrovírica que es segura y eficaz contra la mayoría de las cepas causantes de la enfermedad. Esta vacuna ahora forma parte de la programación de vacunación infantil recomendada y se administra a los 2, 4 y 6 meses de edad.