Se utilizan antibióticos tópicos para todas las conjuntivitis bacterianas a excepción de la gonocócica.

En la conjuntivitis bacteriana, hay que tomar medidas de control de la infección porque es muy contagiosa.

Si se sospecha de una infección gonocócica o por clamidias, la mayoría de los médicos tratan durante 7 a 10 días con gotas de moxifloxacino, fluoroquinolona B o trimetoprim-polimixina. Una mala respuesta clínica al cabo de 2 o 3 días indica que la causa es una bacteria resistente, un virus o una alergia, por lo que se precisan cultivos y pruebas de sensibilidad al germen para el tratamiento posterior.

La conjuntivitis gonocócica del adulto requiere una dosis única de ceftriaxona. Las fluoroquinolonas ya no se recomiendan porque la resistencia ahora es generalizada.

La bacitracina o la gentamicina oftálmica en pomada pueden utilizarse además del tratamiento sistémico. También hay que tratar a las parejas sexuales porque, a menudo, hay infección genital por clamidias en pacientes con gonorrea. Los pacientes también deben recibir una dosis única de azitromicina o doxiciclina durante siete días.

La oftalmia neonatal se previene con el uso sistemático de nitrato de plata en gotas para los ojos o pomada de eritromicina al nacer. Las infecciones que no se curan con este tratamiento requieren tratamiento sistémico y los padres también deben tratarse.