Si se instaura un tratamiento eficaz, el pronóstico de los pacientes con síndrome de apnea/hipopnea obstructiva del sueño es excelente. El control de los factores de riesgo; la presión positiva nasal continua en las vías aéreas (CPAP) o los dispositivos bucales, y, en casos resistentes al tratamiento anterior, la cirugía de las vías aéreas, son los tres pilares del tratamiento, cuyo objetivo es reducir los episodios de hipoxia y la fragmentación del sueño.

En el caso del síndrome de apnea central del sueño, la terapia principal consiste en el tratamiento óptimo de las afecciones subyacentes y en evitar los opiáceos y otros sedantes que puedan agravar el proceso.