En la colestasis del neonato hay que determinar en primer lugar si es una enfermedad hepatobiliar. Puede ser una colestasis intrahepática o extrahepática.

La ictericia puede ser el resultado de la colestasis o ser hepatocelular. La determinación de la causa de la ictericia indica el diagnóstico (p. ej., hemólisis o síndrome de Gilbert, virus, toxinas, manifestaciones hepáticas de enfermedades sistémicas o enfermedades hepáticas primarias, ausencia de enfermedad hepatobiliar, cálculos biliares en la colestasis extrahepática).

Aunque las pruebas de laboratorio y los estudios de imagen son esenciales, la mayoría de los errores son el resultado de datos clínicos insuficientes o de la sobrevaloración de los resultados de la pruebas.